中碳院的组织管理体系由院领导、院务委员会、学术委员会以及若干研究中心构成。
院务委员会：由院领导及各研究中心主任组成，讨论决定科发院建设及发展中的重大事项。院务委员会由院长负责召集。
学术委员会：由若干名国内外著名专家组成，委员的专业背景与科发院的研究方向相关。委员会可根据不同学科方向设置若干个小组。
院领导：设院长1人、专职副院长1人以及兼职副院长若干人。负责科发院的日常管理事务，执行落实院务委员会的决策。
研究中心（研发中心）：在科研组织管理方面，科发院将实行扁平化的科研组织方式，根据碳交易前沿发展趋势和国家重大需求，结合我院的实际，按照“成熟一个、组建一个”的工作思路，逐步组建若干个研究中心。各中心内部由若干个研究小组构成。研究小组围绕共同的研究方向从不同侧面开展碳市场研究，通过交叉协作形成合力，培育碳市场增长点与特色方向。不同中心之间也可以进行相互交叉，并形成相互支撑。