试点工作启动仓促，体系建设不完善
碳交易制度是一项非常复杂的政策体系，国外碳市场从酝酿到最终出台都要经过数年的计划和长时间的讨论。目前我国的碳交易大部分试点为了满足试点工作部署的安排，均赶在2013年底启动了市场交易，最晚也不超过2014年上半年。实际上，除个别试点外，大部分试点的启动均较为仓促，准备工作并不完全充分，政策设计、能力建设等基础工作不够完善。
根据规划，全国碳市场建设大致可以分为3个阶段，2014年至2016年为前期准备阶段，这一阶段是全国碳市场建设的关键时期，明确时间表、路线图、责任人、检验标准等。2016年至2019年是全国碳交易市场的正式启动阶段，这一阶段将全面启动涉及所有碳市场要素的工作。2019年以后，将启动碳市场的“高速运转模式”。但是在实际运行过程当中，也暴露出一些问题。试点工作从2011年底开始部署、2012年开始开展工作、2013年启动市场，每年均为一个大台阶，基础工作不够扎实。目前各试点均存在信息不透明的问题，主要表现在纳入企业排放数据、配额总量的确定、配额分配方案、交易数据等信息的不透明，其原因在于企业、地方政府和交易所均不愿意把相关数据公布于众，使得市场政策性明显，同时也大大增加了交易成本，降低了交易效率。
碳交易市场缺乏法律保障
目前我国关于碳排放权交易的规范性文件除了中央的部门规章——2014年国务院发展和改革委员会颁布的《碳排放权交易管理暂行办法》以外，主要是地方性政府规章和相关政策性文件。在法律效力方面，各试点地区中，只有深圳、北京和重庆通过了地方立法，对排放单位的约束力相对较强。相关法律有2012年10月深圳市人大常委会制定的《深圳经济特区碳排放管理若干规定》和2013年12月北京市人大常委会制定的《关于北京市在严格控制碳排放总量前提下开展碳排放权交易试点工作的决定》。
其他试点地区基本以政府规章进行规制，个别试点地区如天津仅以部门文件为依据。而各个试点的暂行办法对纳入范围的企业标准设定、配额分配方法等诸多方面都存在不一致的地方。比如湖北省规定本省行政区域内年综合能源消费量6万吨标准煤及以上的工业企业，实行碳排放配额管理;广东省规定年排放二氧化碳1万吨及以上的工业行业企业，年排放二氧化碳5000吨以上的宾馆、饭店、金融、商贸、公共机构等单位为控制排放企业和单位;深圳市则规定任意一年的碳排放量达到3000吨二氧化碳当量以上的企业，和大型公共建筑和建筑面积达到一万平方米以上的国家机关办公建筑的业主都实行碳排放配额管理。
在我国目前现行的《环境保护法》和《大气污染防治法》中，二氧化碳并没有被认定为污染物，这意味着无法利用这些法律来规范它。
碳市场流动性差，没有定价权
目前我国的碳交易市场还是一个区域性、零星自愿和示范性交易为主的市场。各试点碳市场普遍存在流动性较差，成交量、成交额低的问题。在2年多时间里，7个试点省市累计成交金额只有17.88亿，这样的交易额对蕴含巨大减排潜力的中国而言远远不足，中国的碳交易市场还远不成熟，试点地区的碳交易也基本可以用比较零星来形容。最典型的是重庆，在2014年6月19日开始日成交了14.5万吨以后，几乎连续9个月没有成交量，直到2015年3月17日才又开始有成交量，成交价也由30.74元降到24元，随后又将近3个月没有成交量。在碳市场容量最大的广东省，2015年履约前的5月、6月份，也有8个交易日没有成交量。流动性差会影响到碳市场的效率和有效性，使得碳市场无法充分发挥发现价格的作用，碳定价的功能受到影响，也就难以实现碳交易政策效果。
中国碳交易的现状是市场潜力大但没有定价权。中国作为目前世界上最具潜力的碳减排市场和最大的清洁发展机制项目供应方，但却处于整个碳交易产业链的最低端，由于碳交易的市场和标准都在国外，中国为全球碳市场创造的巨大减排量，被发达国家以低价购买后，包装、开发成价格更高的金融产品在国外进行交易。所以，形成和完善国内碳交易市场，才能有效地争夺碳交易市场的定价权和话语权，在碳交易市场的发展中争取到有利地位。